Semasa penubuhan Jabatan Pertanian Labuan (Stesen Pertanian Kilan) berperanan untuk :

• Menjalankan lawatan dan pengembangan pertanian di Labuan.

• Memberikan khidmat nasihat pembukaan tanah dan kawasan bagi tujuan pertanian.

• Memberikan khidmat tunjuk pembiakan tanaman.

• Membekal benih tanaman dan baja kepada petani.
   

Jabatan Pertanian Labuan pada masa kini berperanan untuk :

• Menggalakkan dan memajukan sektor pertanian dengan meningkatkan pengeluaran secara komersial, menjamin hasil yang berkualiti dan selamat untuk pasaran tempatan dan eksport.

• Menggalakkan pengeluaran pertanian komersial oleh syarikat perladangan, swasta, pertubuhan, swasta, pertubuhan peladang dan usahawan melalui khidmat perundingan.

• Membimbing dan mewujudkan masyarakat usahawan pertanian.

• Meningkatkan produktiviti pengeluaran melalui pemindahan teknologi, pembangunan sumber manusia dan perkhidmatan teknikal.

• Meningkatkan sumbangan sektor pertanian dalam ekonomi negara dengan menggalak dan memajukan tanaman-tanaman dan agroindustri yang berdaya maju dan berpotensi terutama tanaman makanan.

• Menentukan keselamatan dan melindungi sektor pertanian negara melalui penguatkuatkuasaan akta-akta :

  • Akta Racun Makhluk Perosak 1974
  • Akta Kuarantin Tumbuhan 1976
  • Perintah Kastam (Larangan Mengenai Eksport)