Pengenalan Jabatan Pertanian telah disusun semula strukturnya pada tahun 1997 dengan mengambil kira keperluan Sistem Saraan Baru (SSB) pada masa itu. Walau bagaimanapun, disebabkan oleh tuntutan transformasi pertanian dan cabaran globalisasi perdagangan maka dasar, strategi dan fokus program Jabatan Pertanian perlu disusun semula. Untuk menghadapi alaf globalisasi dan cabaran semasa, fungsi Jabatan Pertanian telah diperluaskan serta memberi fokus kepada antara lain, melindungi dan mempercepatkan perkembangan sektor pertanian negara melalui perkhidmatan penguatkuasaan Akta-Akta sedia ada, yang baru diluluskan dan diwartakan pada 1 Julai 2004 - Akta Perlindungan Varieti Baru Tumbuhan 2004 (Akta 634) dan Akta Benih yang sedang digubal. Bagi menjamin kualiti dan keselamatan makanan serta menangani isu-isu alam sekitar, pengamalan Amalan Pertanian Baik (APB) menjadi teras dalam pembangunan pertanian. Oleh itu, standard pensijilan seperti Skim Amalan Ladang Baik Malaysia (SALM) dan Skim Organik Malaysia (SOM) diwujudkan. Dalam cadangan penyusunan semula struktur organisasi Jabatan Pertanian Semenanjung Malaysia mengikut Sistem Saraan Malaysia (SSM) yang dibentangkan kepada Jawatankuasa Kerja Pembangunan Organisasi, Jabatan Perkhidmatan Awam pada Mac 2004, Bahagian Kawalan Kualiti Tanaman yang merangkumi Seksyen Pendaftaran Perlindungan Varieti Tumbuhan, Seksyen Persijilan Ladang dan Seksyen Pengesahan Benih Tanaman telah diluluskan pada tahun 2005. Bahagian Kawalan Kualiti Tanaman (BKKT) merupakan nadi kepada pembangunan sektor pertanian agar produk-produk negara yang dikeluarkan adalah berkualiti dan dapat bersaing di peringkat antara bangsa. BKKT mewakili JABATAN PERTANIAN dalam urusan perundingan bilateral dan multilateral mengenai isu-isu keselamatan makanan, perlindungan varieti tumbuhan serta isu-isu lain yang berkaitan dengan pelaksanaan akta benih serta perdagangan barangan makanan di peringkat antara bangsa. Objektif 1. Kuatkuasakan undang-undang di bawah Akta Perlindungan Varieti Baru Tumbuhan bagi melindungi hak milik pembiakbaka tumbuhan dan janaplasma negara. 2. Melaksanakan sistem pematuhan kualiti tanaman melalui pelaksanaan persijilan SALM dan SOM untuk ladang-ladang pertanian bagi menentukan pengeluaran hasil pertanian berkualiti serta selamat dimakan. 3. Mengawal kualiti biji benih negara melalui Skim Pengesahan Benih Tanaman dan peraturan-peraturan yang berkaitan. | 
